リモートデスクトップは主に1対1でPCへ接続する用途が中心ですが、リモートコントロールソフトは複数端末の一覧確認、ファイル転送、操作制限、電源管理、授業支援など運用管理向け機能を備えるものがあります。

広い意味では同じ「遠隔操作」に含まれますが、一般に方式が異なります。専用のリモートコントロールソフトは、操作される側の画面をそのまま見ながら同じ画面を共有して操作できるため、相手の作業を見ながら支援する用途に適しています。
利用目的に応じて比較することが重要です。