リモートデスクトップがインストールされた状態でも使用は可能ですか？

可能です。但し、Windows上のセッションにおいて、リモートデスクトップとNetSupportは同一のコンソールセッションを使用します。そのため、リモートデスクトップでリモート接続されている（ユーザーセッションがサインアウトされていない）状況において、更にNetSupportからリモート接続を行いますと、セッションの取り合いが発生します。
その場合、しばらく時間が経ちますとNetSupport側のサインインが進み、リモート接続が可能になる場合、（リモートデスクトップ側のリモート接続は強制的に解除されます）、NetSupport側がサインインが進まず、リモート接続が行えない場合の2ケースが発生いたします。
NetSupport側でリモート接続が行えなかった場合に、リモートデスクトップ側のリモート接続におきまして、ユーザーサインアウト（ログイン画面を表示）をいただき、当状態からNetSupportでのリモート接続をお願いいたします。